國立臺灣大學為提昇本校生物醫學研究之實驗動物照護品質與服務資源運用，促進生物科技研發水準，並裨益國家教育與經濟發展，特由研究發展處設置本中心。實驗動物的使用，已為現今生物醫學研究不可或缺的一環；透過動物實驗的結果，協助研究人員深入了解生命現象，促進研究進展。良好的動物飼養與操作環境是進行高品質動物實驗的先決條件，且因為動物實驗與動物保護及人道照護息息相關，因此實驗動物設施的軟硬體與管理品質往往倍受外界關注。而校內為因應研究需求，已有各式功能的小型動物舍，然其管理鬆散與設備老舊，已逐漸不符研究需求。因此校內教師早有共識，希能成立大型共同動物實驗空間，以良好的照護品質，兼顧動物福利及實驗成果，期能減少動物使用。
本中心設立之目的，不僅在於提供最好的飼育環境，更在於以動物福利為基礎，協助校內外使用者，獲得最佳的研究成果；並能媒合生技產業與學術研發，促進基礎研究能量與相關產業發展。